Milošević je umro 11. marta 2006. godine u pritvoru Tribunala u Hagu, tokom suđenja za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti na Kosovu i u Hrvatskoj i za genocid u Bosni i Hercegovini.

Desetogodišnja autokratska vladavina Slobodana Miloševića završena je 2000. godine pobjedom kandidata Demokratske opozicije Srbije (DOS) Vojislava Koštunice na izborima za predsjednika SRJ. 

Posle pobjede DOS-a na tim izborima 24. septembra 2000, ne želeći da prizna poraz, Milošević i njegova Socijalistička partija Srbije izazvali su postizbornu krizu koja je okončana 5. oktobra nakon masovnih demonstracija građana širom Srbije. Milošević je uhapšen 1. aprila 2001. zbog zloupotrebe službenog položaja. 

Na osnovu Uredbe Vlade Srbije, Haškom tribunalu izručen je 28. juna 2001. godine. 

Milošević je umro od infarkta u pritvoru Tribunala u Hagu, tokom suđenja za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti na Kosovu i u Hrvatskoj i za genocid u Bosni i Hercegovini. 

Pošto gradske i državne vlasti nisu dale dozvole koje su tražili porodica i visoki funkcioneri Socijalističke partije Srbije (SPS) da se Milošević sahrani u Beogradu uz državne počasti, sahranjen je u dvorištu porodične kuće svoje supruge Mirjane Marković u Požarevcu.